Su carisma y sus cualidades retóricas convirtieron a Marianne Birthler en octubre de 1989 en una de las más conocidas representantes de la oposición. Habló, por ejemplo, en la gran manifestación del 4 de noviembre de 1989 en la plaza berlinesa Alexanderplatz en favor de la Initiative Frieden und Menschenrechte (Iniciativa por la Libertad y los Derechos Humanos). En su destacado cargo como veterana Delegada Federal para los Archivos de la Stasi, sigue representando hasta hoy la herencia y el legado de la oposición de la RDA.

A pesar de salirse de la organización juvenil FDJ, Marianne Birthler pudo hacer la selectividad, terminar sus estudios de comercio exterior en 1972 y ejercer dicha carrera en la RDA. Tras el nacimiento de su segunda hija dejó de trabajar, pero colaboró con la Iglesia de forma voluntaria. En 1976, comenzó a formarse para ser catequista y ayudante en la parroquia. Después trabajó en una parroquia berlinesa. Allí entró en contacto, en los años 1980, con el variado abanico opositor dentro de la Iglesia.

Como buena cristiana comprometida, fue uno de los miembros fundacionales en 1986 del grupo de trabajo Solidarische Kirche (Iglesia Solidaria), un grupo opositor dentro de la Iglesia que perseguía la democratización no sólo de la Iglesia, sino también de la sociedad de la RDA. A partir de 1988, siendo ya encargada de Juventud de la diócesis de Berlín, colaboró sobre todo con el grupo Initiative Frieden und Menschenrechte. Cuando por motivos políticos expulsaron a algunos estudiantes de la escuela berlinesa Ossietzky, Marianne Birthler coordinó protestas y creó una escuela nocturna alternativa para jóvenes. Al mismo tiempo se esforzó por fomentar la opinión pública y establecer una red entre los diferentes grupos de la oposición en Berlín y en toda la RDA. El instrumento para ello era el grupo de contacto telefónico que, tras muchos esfuerzos, consiguió hallar su sitio en la parroquia de la iglesia Gethsemanekirche en 1989. Tras las manifestaciones del 7 y 8 de octubre de 1989 en Berlín, que fueron disueltas violentamente, participó en la documentación de los acontecimientos y en su publicación. A principios de noviembre era miembro de una comisión de investigación independiente que debía controlar la poco entusiasta investigación de los hechos por parte del Estado de la RDA y poner de manifiesto la violencia policial.

A partir de marzo de 1990, Marianne Birthler fue portavoz de Bündnis 90 en la Asamblea Popular. En octubre de 1990, llegó al Parlamento de Brandeburgo con Bündnis 90 y fue ministra de Educación en el primer Gobierno de coalición. Dos años después, dimitió cuando se supo la actividad como empleado inoficial de la Stasi del Primer Ministro Stolpe. Ante la disyuntiva entre la lealtad al gabinete y la crítica necesaria, se decidió por esta última. En 1993, pasó a ser portavoz del recién fundado partido Bündnis 90/Die Grünen y en septiembre de 2000 fue la sucesora de Joachim Gauck como Delegada Federal para la Documentación del Servicio de Seguridad de la RDA. Su segundo y último mandato concluye a finales de 2011.