Le physicien Günter Nooke appartient depuis le milieu des années 1980 à un groupe d'opposants ecclésiastiques de la région de Forst, qui s'engagent pour la protection de l'environnement, la démocratie et l'État de droit et publient en samizdat la revue Aufbruch. La vie de Nooke porte la marque de son éducation au sein d'une famille chrétienne. Comme il le résumera lui-même plus tard, ce ne sont pas les mots et les écrits qui étaient importants, mais les faits et les gestes, surtout en 1989.

À l'automne 1989, il compta parmi les fondateurs et les membres clés du comité pour le réveil démocratique, Demokratischer Aufbruch, qu'il représentera par deux fois à la Table ronde centrale. En tant que député de la Chambre du Peuple élue démocratiquement, il suivit des dossiers en prise sur la pratique et éminemment importants au cours du processus d'unification : la politique économique et le travail de la Treuhandanstalt. À ce moment-là, Nooke et d'autres représentants de l'aile gauche libérale avaient déjà quitté le Demokratischer Aufbruch, qui s'alignait un peu trop, à leur goût, sur les idées de la CDU nationale.

En tant que président du groupe parlementaire Bündnis 90 au Landtag de Brandebourg, il s'opposa à la fusion avec le parti des Verts national, qui lui semblait trop à gauche et dont la ligne anti-réunification lui était suspecte. En 1994, il se tailla une certaine notoriété en tant que critique acerbe de Manfred Stolpe, dont il mit en doute la crédibilité, compte tenu de ses contacts avec la police politique. En 1996, il adhéra à la CDU, avec d'autres militants pour les droits civiques, dont Vera Lengsfeld et Ehrhart Neubert.

Günter Nooke fut député au Bundestag pendant deux législatures, de 1998 à 2005, puis délégué du gouvernement fédéral à la politique des droits de l’homme et à l’aide humanitaire au ministère des Affaires étrangères. Depuis 2010, il est conseiller aux affaires africaines de la chancelière allemande.