Gerd Poppe est l'un des vétérans et maîtres à penser de l'opposition est-allemande. Après ses études de physique à Rostock jusqu'en 1964, il rejoignit en 1965 le milieu artistique alternatif de Berlin-Est, qu’il marquera de façon décisive. C'est là que naquit un mouvement d'opposition, qui, jusqu'à la fin de la RDA, ne cessera de prendre de l'ampleur. L’attrait et la diversité de Berlin-Est firent de Prenzlauerberg, situé dans le voisinage immédiat de Berlin-Ouest, le centre de l'opposition grandissante.

Poppe chercha des contacts en Europe de l'Est, surtout en Tchécoslovaquie, auprès des protagonistes de la Charte 77. Ceux-ci contribuèrent à façonner sa vision du monde politique depuis 1968.
Ayant critiqué l'expulsion de Wolf Biermann, Gerd Poppe ne put pas prendre ses fonctions à l'académie des sciences, alors qu’il avait été retenu pour le poste. Cela revenait dans la pratique à une interdiction d'exercer son métier. Il travailla dès lors pour les bains municipaux de Berlin comme mécanicien. En 1984, il obtint un poste d'ingénieur dans le bureau d'études de la fédération caritative protestante (Diakonisches Werk), où il restera jusqu'à la fin de l'année 1989.

Gerd Poppe faisait partie des activistes du mouvement pacifiste indépendant et des athées qui cherchaient l'alliance avec les chrétiens et l'Église. Depuis ce temps, il entretint des contacts étroits avec plusieurs députés des Verts ouest-allemands, en particulier avec Petra Kelly. En tant que membre fondateur de l'Initiative pour la paix et les droits de l'homme (Initiative Frieden und Menschenrechte, IFM) en 1985, il plaida pour l'indépendance de l'opposition grandissante par rapport à l'Église. Au sein de l'IFM, il plaça le concept de politique des droits de l'homme au cœur de la critique de la réalité socialiste, apposant ainsi sa marque sur une grande partie de l'opposition de la RDA. Poppe préconisait l’expression des idées critiques en public et l’exercice des droits de l'homme, en dépit du refus par l'État de les accorder. Il fut éditeur et auteur de plusieurs publications politiques clandestines et organisa pendant des années dans son appartement des lectures d'écrivains non publiés.

Personnage central de l'opposition est-allemande, Gerd Poppe représenta l'IFM à la Table ronde centrale, de décembre 1989 à mars 1990. Il s’investit surtout dans l'élaboration d'une nouvelle constitution pour la RDA, et ultérieurement pour l'Allemagne unifiée. En mars 1990, il devint président du groupe parlementaire Bündnis 90 à la Chambre du Peuple. Il fut l'un des instigateurs de la fondation du parti et, plus tard, de la fusion de Bündnis 90 avec Die Grünen (les Verts).

De 1990 à 1998, Poppe fut député de Bündnis 90/Die Grünen, puis jusqu'en 2003, délégué du gouvernement fédéral à la politique des droits de l'homme. Il est co-initiateur de la fondation pour une mise à plat de l'histoire de la RDA (Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur), dont il est membre du directoire depuis sa fondation.