Le service militaire dans une „unité de construction“ de l’armée populaire, fut pour ce fils de pasteur „l'apprentissage de l'opposition“. Les objecteurs de conscience pouvaient refuser le service des armes et effectuer un service de remplacement au sein de ces unités. Il y rencontra des croyants, qui avaient refusé de faire leur service militaire pour des raisons politiques et à cause de leur foi. Cet étudiant en physique à l'université technique de Dresde, quitta alors le mouvement de jeunesse officiel (FDJ) pour se rapprocher du groupe d'étudiants évangéliques, ce qui l'empêchera dans un premier temps de passer son doctorat, avant d'être admis en 1982.

Son travail d'opposant lui coûta quelques éraflures, mais s'en il tira bien. En 1976 et 1980, il fut emprisonné pendant une journée, en 1983 il le fut quinze jours entiers, jusqu'à ce que le maire-gouverneur de Berlin de l'époque, Richard von Weizsäcker, intervienne avec succès en sa faveur.

Böttger était actif au sein de la Friedenswerkstatt, un groupe pacifiste de l'Église. En 1982, il organisa un atelier de linogravure pour enfants, très fréquenté, dans les locaux de l'église de la Rédemption de Rummelsburg. C'est grâce à un tampon taillé dans du linoléum qu'il imprimera l'écusson vert largement diffusé „Épées en socs de charrue“, le symbole de paix qui contrariait le gouvernement.

Par la suite, lors des rassemblements, il fit office d’expert juridique, qui renseignait sur les droits de l'homme en RDA, indiquait aux opposants les limites de leurs actions, ce à quoi ils devaient veiller. Il milita également pour le droit des personnes placées en garde à vue de refuser de faire une déposition. Plus d'un opposant tombé entre les griffes de la Stasi profitera de son expérience carcérale. 

Martin Böttger participa en 1986 à la fondation du comité d'opposants Initiative Frieden und Menschenrechte (Initiative pour la paix et les droits de l'homme), et en 1989 à celle du Neues Forum. La famille venait de s’installer près de Zwickau. La maison sur la colline devint rapidement un point de ralliement pour dissidents. En 1989, les gens n'avaient pas besoin, comme il dit, de „sceptiques, de dirigeants charismatiques, d’orateurs exaltés, d'hommes politiques qui louvoient. Il nous fallait des gens audacieux, qui voulaient rester dans le pays et qui ouvraient leur bouche pour dire la vérité. Sans censure, sans poursuites policières, sans interdiction professionnelle. Personne parmi nous n'avait envie que son avenir professionnel dépende du recrachage des mensonges officiels. Ces gens n'avaient pas besoin d’idées nouvelles, ils voulaient faire revivre cette idée ancienne, oubliée, trahie : celle des droits de l'homme.“ C'était l'homme de la situation. 
De la Révolution pacifique de 1989, à laquelle il participe activement, il dit qu’il s’agissait d’un raz-de-marée, „ceux qui s'y sont opposés, ont été engloutis“. La Stasi dans les monts Métallifères notait à l'automne 1989 presque chacun de ses pas. Qu'on lise ces rapports aujourd'hui, on se rendra compte que la police politique ne fait que décrie son propre effondrement.

En octobre 1990, lors des premières élections libres au Landtag de Saxe-Anhalt, Böttger est candidat pour Bündnis 90, groupe parlementaire dont il est devenu le président. De 2001 à 2010, il dirige l'antenne de Chemnitz (Karl-Marx-Stadt, à l’époque de la RDA) de la Commission fédérale pour les archives de la Stasi.