Der Physiker Günter Nooke gehörte seit Mitte der 1980er Jahre zu einer kirchlichen Oppositionsgruppe in der Region Forst, die sich für Umweltschutz, Demokratie und Rechtsstaatlichkeit engagierte und das Samisdatblatt Aufbruch herausgab. Nookes Weg wurde durch die christliche Erziehung im Elternhaus geprägt. Wie er später selbst einmal resümierte, ging es ihm, vor allem 1989, weniger um Worte und Schriften, sondern um Taten und Handlungen.

Im Herbst 1989 zählte er zu den Begründern und Aktivposten des Demokratischen Aufbruchs, für den er zweimal am Zentralen Runden Tisch saß. In der frei gewählten Volkskammer gehörten Wirtschaftspolitik und die Arbeit der Treuhandanstalt zu seinen Aufgabenfeldern, ganz praktische, eminent wichtige Bereiche der politischen Arbeit im Einigungsprozess. Zu dieser Zeit war Nooke bereits mit anderen Vertretern des linksliberalen Flügels aus dem Demokratischen Aufbruch ausgetreten, weil dieser sich zu einseitig an der bundesdeutschen CDU orientierte. 

Als Vorsitzender der Fraktion Bündnis 90 im Brandenburger Landtag trat er entschieden gegen eine Fusion mit den bundesdeutschen Grünen ein, die ihm zu links und wegen ihres Antieinheitskurses suspekt waren. Er wurde 1994 als scharfer Kritiker von Manfred Stolpe bekannt, dessen Glaubwürdigkeit Nooke aufgrund der MfS-Kontakte Stolpes infrage stellte. 1996 trat er mit anderen Bürgerrechtlern, wie Vera Lengsfeld und Ehrhart Neubert, in die CDU ein.

Günter Nooke war zwei Legislaturperioden lang von 1998 bis 2005 Abgeordneter des Deutschen Bundestages, anschließend Beauftragter der Bundesregierung für Menschenrechtspolitik und Humanitäre Hilfe im Auswärtigen Amt, seit April 2010 ist er Afrika-Beauftragter der Bundeskanzlerin.