Ihr Charisma und ihre rhetorischen Fähigkeiten machten Marianne Birthler im Oktober 1989 zu einer der bekanntesten Vertreterinnen der Opposition. So sprach sie während der großen Demonstration auf dem Berliner Alexanderplatz am 4. November 1989 für die Initiative Frieden und Menschenrechte. In ihrer herausgehobenen Funktion als langjährige Bundesbeauftragte für die MfS-Akten repräsentiert sie bis heute Erbe und Vermächtnis der DDR-Opposition.

Trotz Austritts aus der FDJ konnte Marianne Birthler ihr Abitur ablegen, 1972 ihr Außenhandelsstudium abschließen und im DDR-Außenhandel arbeiten. Mit der Geburt ihrer zweiten Tochter gab sie diese Arbeit auf, engagierte sich jedoch ehrenamtlich in der Kirche. 1976 begann sie eine Ausbildung zur Katechetin und Gemeindehelferin. Danach arbeitete sie in einer Berliner Kirchengemeinde. Dort kam sie Mitte der 1980er Jahre in Kontakt mit dem vielfältigen oppositionellen Milieu im kirchlichen Raum.

Als engagierte Christin war sie 1986 eines der Gründungsmitglieder des Arbeitskreises Solidarische Kirche, einer innerkirchlichen Oppositionsgruppe, die gleichwohl die Demokratisierung nicht nur der Kirche, sondern auch der Gesellschaft in der DDR anstrebte. Ab 1988, inzwischen als Jugendreferentin im Berliner Stadtjugendpfarramt, engagierte sie sich vor allem in der Initiative Frieden und Menschenrechte. Als Schüler aus politischen Gründen von der Berliner Ossietzky-Schule verwiesen wurden, koordinierte Marianne Birthler Proteste und initiierte eine alternative Abendschule für Jugendliche mit. Daneben bemühte sie sich besonders um die Herstellung von Öffentlichkeit und die Vernetzung der verschiedenen Gruppen der Opposition in Berlin und der ganzen DDR. Das Instrument dafür war die Kontakttelefongruppe, die nach langen Bemühungen Anfang 1989 einen Platz bei der Gemeinde der Gethsemanekirche gefunden hatte. Nach den gewaltsam niedergeschlagenen Demonstrationen am 7. und 8. Oktober 1989 in Berlin beteiligte sie sich an der Dokumentation der Ereignisse und deren Veröffentlichung. Sie war Anfang November Mitglied einer unabhängigen Untersuchungskommission, die die halbherzigen Ermittlungen des DDR-Staates kontrollieren und die Polizeigewalt aufdecken sollte.

Ab März 1990 war Marianne Birthler Fraktionssprecherin von Bündnis 90/Grüne in der Volkskammer. Im Oktober 1990 kam sie für Bündnis 90 in den Brandenburger Landtag und wurde Bildungsministerin in der ersten Koalitionsregierung. Nach zwei Jahren trat sie wegen der IM-Tätigkeit des Ministerpräsidenten Stolpe zurück. Im Konflikt zwischen Kabinettsloyalität und notwendiger Kritik hatte sie sich für Letztere entschieden. 1993 wurde Marianne Birthler Sprecherin der neu gegründeten Partei Bündnis 90/Die Grünen und im September 2000 Nachfolgerin von Joachim Gauck als Bundesbeauftragte für die Unterlagen des Staatssicherheitsdienstes. Ihre zweite und letzte Amtszeit endet 2011.