Im März 1989 erschien im ostdeutschen Samisdat ein Beitrag, der zu heftigen Diskussionen führte. Der Regisseur Konrad Weiß setzte sich darin unter der Überschrift Die neue alte Gefahr. Junge Faschisten in der DDR mit faschistischen und neofaschistischen Erscheinungen in der DDR auseinander. Weiß hatte mit seinen Befunden ein erschreckendes Sittenbild der ostdeutschen Gesellschaft gezeichnet. Es war ein analytischer Stoß in die Herzgegend der herrschenden Kommunisten. Von den beklemmenden Erfahrungen als einziger bekennender Katholik in der Schulklasse über die Nichtzulassung zur Oberschule und seinem Engagement in der Aktion Sühnezeichen hin zum offenen politischen Bekenntnis in der geschlossenen Gesellschaft war es für Konrad Weiß ein weiter und dornenreicher Weg.

Anfang September 1989 zählte er zu den Initiatoren der Bürgerbewegung Demokratie Jetzt. Die Öffentlichkeit erlebte einen Mann, der prinzipienfest, aber kein Prinzipienreiter war, der beharrlich seine Meinung zu vertreten wusste, sich jedoch auch Gegenargumenten öffnete. Als Vertreter des Zentralen Runden Tisches beruhigte er am 15. Januar 1990 vor laufenden Kameras die Menschenmenge, die gerade die MfS-Zentrale in Ost-Berlin erstürmte. In der Volkskammer brachte er am 12. April 1990 eine Erklärung auf den Weg, in der sich die DDR erstmals offiziell bei den Juden für die Shoa und die Anti-Israel-Politik entschuldigte. In den letzten Tagen der DDR kämpfte er energisch für die Aufnahme des späteren Stasi-Unterlagen-Gesetztes in den Einigungsvertrag.

Im Juni 1989 schrieb Konrad Weiß in der Hamburger Zeit, im Osten sei der Einheitsgedanke vitaler als im Westen und er hoffe, dass einmal die deutsche Einheit kommen möge. Zu seiner Logik gehört, dass er Demokratie Jetzt ein vages Wiedervereinigungskonzept verpasste, am 9. November 1989 freudig durch die eingestürzte Mauer auf der Bornholmer Straße spazierte und dennoch Ende November 1989 zu den Initiatoren des Aufrufs Für unser Land zählte. Er hatte an den Entwürfen mitgeschrieben.

Konrad Weiß wollte die Einheit, aber ausgehandelt zwischen Partnern auf gleicher Augenhöhe. Dazu bedurfte es seiner Meinung nach zunächst eines demokratisch verfassten Staatswesens in der DDR. Artikel 146 des Grundgesetzes entsprach seinen Vorstellungen, nicht der Weg nach Artikel 23. Als er merkte, dass diese nicht durchsetzbar waren, versuchte er am 17. Juni 1990 in einem putschartigen Vorgang den sofortigen Beitritt der DDR nach Artikel 23 durch die Volkskammer zu inszenieren. Das hätte bedeutet, dass die DDR-Länder ohne Einigungsvertrag sofort alle Rechte der alten Bundesländer genossen hätten. Der Schreck über diese radikale Alternative war der DDR-Regierung wie Bundeskanzler Kohl, der vier Stunden lang das Treiben im Plenarsaal von der Zuschauertribüne aus hilflos mit ansehen musste, deutlich anzumerken. Weiß agierte nie als Bürgerschreck, aber zuweilen als Schreck der Regierenden.