Die Zeit als Bausoldat war für den Pfarrerssohn Martin Böttger „meine Schule der Opposition“. Bausoldaten konnten den Dienst mit der Waffe verweigern. Er kam mit Christen zusammen, die aus Glaubens- und politischen Gründen den Waffendienst ablehnten. Der Physikstudent an der Technischen Universität Dresden trat aus der staatlichen Jugendorganisation FDJ aus, wandte sich der Evangelischen Studentengemeinde zu, durfte deshalb nicht promovieren und wurde 1982 doch zugelassen.

Beim Einsatz in der Opposition zog er sich Schrammen zu, kam aber glimpflich davon. 1976 und 1980 musste er einen Tag einsitzen, 1983 ganze 14 Tage – bis sich West-Berlins Regierender Bürgermeister Richard von Weizsäcker erfolgreich für ihn einsetzte.

Böttger war in der von kirchlichen Gruppen organisierten Friedenswerkstatt aktiv. Auf dem Gelände der Erlöserkirche in Rummelsburg richtete er 1982 eine Linoldruckwerkstatt für Kinder ein, die großen Zulauf fand. Mit einem selbst gebastelten Linolstempel brachte er das vom Staat angefeindete Friedenssymbol Schwerter zu Pflugscharen in grüner Farbe auf Vlies und verteilte das Druckwerk.

Bei späteren Veranstaltungen war er der Rechtsexperte, der über Menschenrechte in der DDR aufklärte, sagte, wie weit Oppositionelle ungestraft gehen konnten, was sie beachten sollten. Auch das Recht Untersuchungsgefangener auf Aussageverweigerung war sein Thema. Mancher, der in die Fänge der Stasi geriet, profitierte von seinen Knasterfahrungen.

Martin Böttger gehörte 1986 zu den Gründungsmitgliedern der Initiative Frieden und Menschenrechte, 1989 zu denen des Neuen Forums. Die Familie war gerade von Berlin nach Zwickau gezogen; das Haus am Berg wurde schnell Kristallisationspunkt Andersdenkender. 1989 brauchten die Menschen nicht, wie er sagt, „Bedenkenträger, charismatische Führer, hoffnungsvolle Rednertalente, lavierende Realpolitiker. Gefragt waren Menschen ohne Angst, die hierbleiben, das Land verändern wollten und den Mund auftaten, um die Wahrheit zu sagen. Ohne Zensur, ohne polizeiliche Verfolgung, ohne Berufsverbot. Keiner von uns hatte Lust, die berufliche Karriere vom Nachbeten offizieller Lügen abhängig zu machen. Die Menschen brauchten keine neuen Ideen, wollten eine alte, vergessene, verratene Idee wieder aufleben lassen: die Idee der Menschenrechte.“ Und da kam einer wie er gerade recht.

Die Friedliche Revolution 1989, an der er entscheidend beteiligt war, charakterisiert er als Sturmflut, „wer sich ihr entgegenstellte, wurde verschluckt“. Die Stasi im Erzgebirge notierte im Herbst 1989 so ziemlich jeden seiner Schritte. Wer die Berichte heute liest, merkt, dass der Sicherheitsdienst nur noch den eigenen Untergang beschrieb.

Bei der sächsischen Landtagswahl im Oktober 1990 kandidierte Böttger für Bündnis 90, wurde dessen Fraktionsvorsitzender. Von 2001 bis 2010 leitete er die Außenstelle Chemnitz der Bundesbeauftragten für die Unterlagen des Staatssicherheitsdienstes.