Физик Гюнтер Нооке с середины 80-х годов принадлежал к церковной оппозиционной группе в Форсте, выступавшей за охрану окружающей среды, демократию и правовое государство и выпускавшей самиздатовский журнал «Прорыв». На мировоззрение Нооке повлияло христианское воспитание, полученное им в семье. Как сам он позднее отмечал, для него всегда, а в 1989 г. в особенности, дела и поступки были важнее слов и текстов.

Осенью 1989 г. он стал одним из основателей и главных действующих лиц «Демократического прорыва», который он два раза представлял на общенациональном круглом столе. Став депутатом свободно избранной Народной палаты, он курировал в ней экономическую политику и работу Ведомства по опеке над государственным имуществом - две исключительно важных практических области, имевших ключевое значение в процессе объединения Германии. К этому моменту Нооке вместе с еще несколькими представителями лево-либерального крыла уже покинул «Демократический прорыв», который, по их мнению, однозначно ориентировался на западногерманскую ХДС.

Став председателем фракции «Союз 90» в бранденбургском ландтаге он решительно выступал против слияния с западногерманскими зелеными. Нооке считал их слишком левыми, и они не вызывали у него доверия из-за того, что выступали против объединения Германии. В 1994 г. он был одним из главных критиков Манфреда Штольпе, политический авторитет которого считал безвозвратно подорванным из-за его контактов со «Штази». В 1996 г. вместе с другими правозащитниками, такими, как Вера Ленгсфельд Эрхарт Нойберт, Нооке вступил в ХДС.

С 1998 по 2005 г. Гюнтер Нооке был депутатом Бундестага двух созывов, потом занимал пост уполномоченного федерального правительства по правам человека и гуманитарной помощи при Министерстве иностранных дел, а с апреля 2010 г. он является уполномоченным канцлера по связям с Африкой.