Для сына священника Мартина Беттгера служба в армии строительным солдатом стала, по его собственному выражению, «настоящей школой оппозиции». Строительные солдаты имели право не носить оружия. В отряде Беттгер сошелся с христианами, которые по религиозным и политическим мотивам отвергали службу с оружием. Студент факультета физики Дрезденского технического университета вышел из Союза свободной немецкой молодежи (восточногерманского аналога комсомола) и стал членом студенческой евангелической общины. За это он был исключен из аспирантуры, к защите диссертации его допустили лишь в 1982 г.

От оппозиционной деятельности у него осталось немало шрамов, но, в общем и целом, Мартин отделался сравнительно дешево. В 1976 и 1980 годах он провел по одному дню в тюрьме, 1983 г. – целых 14, пока за него ни вступился правящий бургомистр Западного Берлина Рихард фон Вайцзеккер.
Беттгер принимал активное участие в деятельности организованной церковными группами «Мастерской мира». На территории, прилегающей к церкви Христа Искупителя в Руммельсбурге, он оборудовал в 1982 г. линогравюрную мастерскую для детей, которая пользовалась большой популярностью. При помощи самодельного пресса зеленой краской на ваточный холст наносился символ мира «Перекуем мечи на орала», гравюры потом раздавали всем желающим.

На следующем этапе своей оппозиционной деятельности Мартин Беттгер стал экспертом по правовым вопросам, и главным образом по правам человека в ГДР. Он консультировал оппозиционеров, рассказывал, с какого момента они рискуют подвергнуться судебным преследованиям, объяснял им, на что они должны обращать внимание. Его специализацией были также права лиц, находящихся в предварительном заключении и отказ от дачи показаний. Многим диссидентам, попавшим в руки "Штази", пригодился его тюремный опыт. В 1986 году Мартин Беттхер стал одним из основателей инициативы "За мир и права человека", а в 1989-м – "Нового форума". Его дом в Цвиккау, куда он переехал с семьей из Берлина в 1989 году, быстро стал местом встреч инакомыслящих. Тогда в 1989-м людям нужны были, как он говорит, "не сомневающиеся мыслители, не харизматичные лидеры, не талантливые ораторы, не лавирующие политики-реалисты. Нужны были бесстрашные люди, которые собирались остаться в стране, хотели изменить ее и не боялись сказать правду. Которые мечтали о государстве без полицейских преследований и запретов на профессию. Нам надоело жить в обществе, где карьера находилась в прямой зависимости от ежедневного повторения официальной лжи. Людям не нужны были новые идеи. Они мечтали возродить одну единственную старую, забытую, извращенную идею – идею прав человека". Мартин Беттгер был, как никто другой, востребован эпохой.

Мирную революцию 1989 г., в которую он внес весомый вклад, он описывает как штормовой прилив. "Тех, кто попытался воспротивиться, попросту смыло". Служба госбезопасности в Рудных горах следила осенью 1989 г. за каждым его шагом. Донесения агентов "Штази", написанные ими в те дни, читаются сегодня как дневник, фиксирующий ее собственное падение.

На выборах в саксонский ландтаг в октябре 1990 г. Беттгер выступал кандидатом от "Союза 90", председателем фракции которого потом стал. С 2001 по 2010 год он возглавлял бюро Федерального ведомства по архивам министерства государственной безопасности бывшей ГДР в г. Хемниц.