Sebastian Pflugbeil’in yaşamının en önemli konusu, 26 Nisan 1986’da gerçekleşen Çernobil nükleer santral felaketiydi. “Barış için Doktorlar”dan oluşan bir grupla birlikte, felaketten önce nükleer silahların etkileri üzerine bir bilgilendirme yazısı hazırlamıştı. Bu yazının dağıtımı, Demokratik Alman Cumhuriyeti’ndeki (DDR) Protestan Kiliseler Birliği araştırma bölümü tarafından gerçekleştirilmişti. Mayıs 1986’da, DDR’nin atom endüstrisi planları ve riskleri konusunda, kilise kurulllarını bilgilendirdi. O, en azından, Protestan Kiliseler Birliği’nin kilise meclisi tarafından Sovyet yapımı nükleer santrallerin adım adım kapatılmasının talep edilmesini sağlayabilmişti. Fizikçi olan Pflugbeil, Michael Beleites’in Pehblende projesini destekleyen ender insanlardan biriydi. Bu proje, DDR’de Wismut A.Ş. tarafından yapılan uranyum kazanımının sonuçlarını araştırıyordu. 1988 yılında Pflugbeil’in, DDR’deki enerji ekonomisinin vahim durumunu gözler önüne seren Enerji ve Çevre isimli araştırması yayınlandı. Bu temeller üzerinde “Barış Ağı” grubu için yeni bir çalışma alanı oluştu. 

Eylül 1989’da Sebastian Pflugbeil “Yeni Forum”un kuruluş çağrısının ilk imzacıları arasında yer aldı ve bu Yurttaş Hareketini “Merkezi Yuvarlak Masa” toplantısında temsil etti. Şubat 1990’dan sonra, Modrow hükümetinde alanı olmayan bakan konumunu kullanarak, Greifswald’daki Sovyet yapımı nükleer santralin kapatılması için mücadele verdi. 1990 yılından 1994 yılına kadar Berlin Eyalet Parlamentosu milletvekiliydi. 1993 yılından beri Pflugbeil, Çernobilli Çocuklar Derneği’nin ve 1999 yılından bu yana da Işından Korunma Derneği’nin başkanı. Devlet Güvenlik Bakanlığı Belgelerinden Sorumlu Federal Dairesi tarafından, gizli servis olan Devlet Güvenlik Bakanlığı’nın, itaatsiz DDR vatandaşlarının izlenmesini kolaylaştırmak için, kurbanları hiç düşünmeden, radyoaktif maddelerle gerçekleştirdiği manipülasyonları açığa çıkarmak için yapılan çalışmalara bilirkişi olarak katılıyor.