No es por naturaleza un luchador, dice él, pero hay que abrir los ojos de la gente a las escandalosas contradicciones. El padre de Seidel era el dueño de una pequeña fábrica, que fue nacionalizada durante el régimen socialista. A pesar de sus orígenes, que hacían de él un marginado por prescripción estatal, Eberhard Seidel pudo superar su etapa escolar sin problemas y concluir el bachillerato. Lo que más le molestaba al joven Seidel era, sobre todo, la contradicción entre la realidad según la teoría y la realidad vivida.

Durante sus estudios de medicina, en Berlín, participó activamente en la comunidad evangelista de estudiantes, donde conoció a Jutta, que más tarde se convertiría en su esposa. Seidel valoraba los debates de espíritu libre y creativo sobre la política y la sociedad, los cuales eran impulsados y promovidos por el párroco de los estudiantes. Fue en esos años que maduró una decisión en su corazón: la de trabajar por la paz como cristiano.

Eberhard Seidel quiso unirse como médico especializado a un comité de doctores de la RDA que pugnaban por la prevención de una guerra nuclear; lo que no le fue permitido. Esta no es una asociación a la cual uno se pueda afiliar, le explicaron. Sobre todo teniendo en cuenta que ninguna de las autoridades oficiales quería escuchar que la amenaza de una guerra nuclear no sólo partía del mundo occidental. Dichas contradicciones llevaron a Eberhard Seidel, a su esposa y a algunos colegas, a fundar, en 1983, bajo la protección de la Iglesia, el círculo de trabajo Ärzte für den Frieden (Médicos por la Paz); el cual vendría a ser como un contraproyecto de la ya existente organización alineada con el Estado. Dichos médicos críticos se comprometieron a luchar por la eliminación de armas atómicas en los bloques del Este y Oeste, por la justicia social, la libertad de expresión y los derechos humanos. Se les negó hacer realidad el deseo de suprimir en las escuelas los conceptos preconcebidos del enemigo y hablar a los escolares de la educación por la paz.

"No era mi intención socavar el régimen de la RDA o contribuir a su caída. Quería hacer algo para sacar a la gente de su desesperación y de su falta de perspectivas de futuro". En 1989, Eberhard Seidel fue uno de los firmantes del llamamiento fundacional de Neues Forum (Nuevo Foro), una alianza opositora, cuyo aporte fue esencial para el gran cambio político. "Pero esto hubiese sucedido también sin mi participación. Sólo fuimos los catalizadores del proceso y no las puntas de lanza". La repercusión al llamamiento fue enorme. De repente, estaban reunidas en casa los Seidel entre treinta y cuarenta personas, que no conocían de nada, hablando abiertamente acerca de lo que tendría que cambiar en la RDA.

Eberhard Seidel colaboró en un grupo de trabajo de la llamada Mesa Redonda Central que se encargaba de la elaboración de propuestas legislativas para la consecución de elecciones libres. Las recomendaciones, no obstante, fueron rechazadas por la central del partido Después de haber servido un año como diputado de la primera asamblea de concejales elegida libremente, sintió en carne propia lo que sucede "cuando se coharta el margen de acción creativa, cuando no se cuestionan las estructuras ya existentes". 

Además de su participación como médico en acciones político pacifistas, Eberhard Seidel trabaja hoy en día como médico especializado en medicina interna.