Ceder nunca fue lo suyo. Siempre que Rainer Eppelmann tenía la certeza de algo, era fiel a la decisión tomada y no estaba dispuesto a hacer ningún tipo de concesiones. En los años 60, Rainer Eppelmann se negó a hacer el servicio militar armado y cumplió una condena de ocho meses en Neustrelitz y en el campo de castigo de Uckermünde. En los años setenta, colaboró con la oposición como responsable de la Pastoral de Juventud en Berlín y, en los ochenta, pasó a ser considerado enemigo número uno del Estado. En 1990, fue ministro sin cartera del último gabinete de la RDA bajo el mando de un jefe de Gobierno del SED; seguidamente, se convirtió en el, hasta la fecha, único ministro de Desarme del mundo; en los años noventa, en un político prominente de izquierdas y, en el nuevo milenio, en el más importante precursor de la confrontación con el pasado de la RDA. 

A partir de 1979, muchos jóvenes acudieron a las Bluesmessen (actos religiosos con música blues) del pastor Eppelmann en la iglesia Samariterkirche en el distrito de Friedrichshain. En dichas Bluesmessen, los jóvenes expresaban su disconformidad con la función tutelar del Estado socialista. Sólo la Iglesia, la única institución relativamente independiente en la RDA, podía ofrecer semejante libertad de acción. Las Bluesmessen se convirtieron así en el origen de un movimiento libertario y pacifista y, con ello, de un gran frente de oposición en Alemania Oriental. Pero más grande aún fue la animosidad que causó Eppelman en el Estado de la RDA, cuando, en 1982, redactó, junto con el poco ortodoxo comunista Robert Havemann, el Berliner Appell (Llamamiento de Berlín). Para los burócratas del politburó del SED, esa declaración en contra de la evidente militarización de la sociedad de la RDA suponía una verdadera afrenta. Erich Honecker dispuso lo siguiente: "El cabecilla, un tal Eppelmann, será detenido por las autoridades correspondientes por los siguientes motivos: 1. Organización de recolección de firmas; 2. Creación de una organización ilegal; 3.Cooperación con las fuerzas hostiles a la RDA en el extranjero; 4. Difamación de la RDA en el extranjero; 5. Campaña de difamación en contra de la Unión Soviética.

A pesar de todas estas inculpaciones, el interés público del mundo occidental hizo posible que fuese liberado pocos días después de ser arrestado por la Stasi. De ahí en adelante, el acabar con Eppelmann se convirtió en uno de los objetivos de la Stasi. Para acallar para siempre la voz de este inquebrantable pastor, la Stasi tramó desde su aniquilación moral hasta un posible asesinato. No lo pudieron conseguir. Eppelmann siguió siendo uno de los críticos de mayor fama del régimen del SED. Cuando la revolución del verano de 1989 tomó un gran impulso, Eppelmann fue uno de los cofundadores del movimiento Demokratischer Aufbruch (Despertar Democrático) y hasta llegó a ser elegido como su presidente. Cuando cayó el Muro, la noche del 9 de noviembre de 1989, Eppelmann se encontraba en la primera fila ante el puesto de control fronterizo de la Bornholmer Straße, no obstante, optó por no entrar en la Alemania capitalista en aquella noche tan especial. Se quedó, pues se sentía comprometido con la revolución pacífica, lo que no ha cambiado hasta hoy en día. Como miembro honorífico de la junta directiva del Bundesstiftung Aufarbeitung (Fundación Federal para la investigación y evaluación de la dictadura comunista en la RDA), Eppelmann se desenvuelve en un ámbito en el que confluyen lo científico y lo público, los intereses financieros y el compromiso.